Auf der Webseite von Technology Review findet sich ein neuer Artikel von Peter Monnerjahn, in dem er auf einen hahnebüchenen Text von “Medizinethiker” Giovanni Maio (seines Zeichens erschreckenderweise Direktor des Instituts für Ethik und Geschichte an der Universität Freiburg) eingeht.

Angestoßen wurde die ganze Sache durch Craig Venters Durchbruch in der Herstellung eines synthetischen Bakteriums, was von Maio als “Entwertung des Lebens” gestraft wurde. Monnerjahn geht auf Maios (Nicht-)Argumente ein und weist im größeren Zusammenhang darauf hin, wie wichtig es ist, Diskussions- und Argumentationsfähigkeiten zu stärken, um sinnvoll über solche Sachen reden zu können (schließlich könnte sogar ein Institutsdirektor da offensichtlich noch Nachhilfe gebrauchen). Einfach mal lesen!

Hier eine Kurzanleitung, um libSBML (in meinem Fall 4.01) unter Linux Mint 8 (Codename “Helena”) mit KDE für Python 2.6 zum Laufen zu bekommen. (Gilt natürlich genauso für Ubuntu 9.10 und Kubuntu 9.10.

In der Konsole, im Verzeichnis vom libSBML-Quellcode:

sudo apt-get install build-essential libxml2 libxml2-dev python-dev
./configure –with-python
make
sudo make install
sudo ldconfig
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/libsbml:/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/
python
(in der python shell) from libsbml import *

Keine Fehlermeldung? Dann hat’s geklappt. (Hinweis: In der zweiten Zeile werden die beiden Bindestriche von Wordpress als langer Gedankenstrich dargestellt. Es muss aber natürlich “- -with-python” ohne das Leerzeichen heißen.)

Für eine anstehende Softwareentwicklung brauche ich ein ordentliches Linux als Entwicklungssystem. Dabei findet man nicht immer alle Pakete, die man so braucht, in irgendwelchen Repositories. Eben bin ich darüber gestolpert, dass die Library libSBML nicht so einfach zu bekommen ist.

Die Auflistung der Schritte, die fürs Kompilieren notwendig sind, sind eigentlich mehr als Erinnerung für mich, weil ich dasselbe auf einem anderen System bald wieder machen muss. Aber vielleicht hilft es ja auch noch irgendwem da draußen.

Update vom 20.5.2010: Funktioniert genauso auch unter Ubuntu 10.04 (und damit höchstwahrscheinlich auch Kubuntu 10.04). Klappt außerdem sowohl für 32-Bit- als auch 64-Bit-Versionen.