libSBML mit Python 2.6 unter Linux Mint 8 Helena KDE / Ubuntu 9.10 / Kubuntu 9.10
Freitag, 12. Februar 2010 | Autor: Moritz
Hier eine Kurzanleitung, um libSBML (in meinem Fall 4.01) unter Linux Mint 8 (Codename “Helena”) mit KDE für Python 2.6 zum Laufen zu bekommen. (Gilt natürlich genauso für Ubuntu 9.10 und Kubuntu 9.10.
In der Konsole, im Verzeichnis vom libSBML-Quellcode:
sudo apt-get install build-essential libxml2 libxml2-dev python-dev
./configure –with-python
make
sudo make install
sudo ldconfig
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/libsbml:/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/
python
(in der python shell) from libsbml import *
Keine Fehlermeldung? Dann hat’s geklappt.
Für eine anstehende Softwareentwicklung brauche ich ein ordentliches Linux als Entwicklungssystem. Dabei findet man nicht immer alle Pakete, die man so braucht, in irgendwelchen Repositories. Eben bin ich darüber gestolpert, dass die Library libSBML nicht so einfach zu bekommen ist.
Die Auflistung der Schritte, die fürs Kompilieren notwendig sind, sind eigentlich mehr als Erinnerung für mich, weil ich dasselbe auf einem anderen System bald wieder machen muss. Aber vielleicht hilft es ja auch noch irgendwem da draußen.
Thema: Bioinformatik, Linux | Beitrag kommentieren




