libSBML mit Python 2.6 unter Linux Mint 8 Helena KDE / Ubuntu 9.10 / Kubuntu 9.10
Freitag, 12. Februar 2010 | Autor: Moritz
Hier eine Kurzanleitung, um libSBML (in meinem Fall 4.01) unter Linux Mint 8 (Codename “Helena”) mit KDE für Python 2.6 zum Laufen zu bekommen. (Gilt natürlich genauso für Ubuntu 9.10 und Kubuntu 9.10.
In der Konsole, im Verzeichnis vom libSBML-Quellcode:
sudo apt-get install build-essential libxml2 libxml2-dev python-dev
./configure –with-python
make
sudo make install
sudo ldconfig
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/libsbml:/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/
python
(in der python shell) from libsbml import *
Keine Fehlermeldung? Dann hat’s geklappt. (Hinweis: In der zweiten Zeile werden die beiden Bindestriche von Wordpress als langer Gedankenstrich dargestellt. Es muss aber natürlich “- -with-python” ohne das Leerzeichen heißen.)
Für eine anstehende Softwareentwicklung brauche ich ein ordentliches Linux als Entwicklungssystem. Dabei findet man nicht immer alle Pakete, die man so braucht, in irgendwelchen Repositories. Eben bin ich darüber gestolpert, dass die Library libSBML nicht so einfach zu bekommen ist.
Die Auflistung der Schritte, die fürs Kompilieren notwendig sind, sind eigentlich mehr als Erinnerung für mich, weil ich dasselbe auf einem anderen System bald wieder machen muss. Aber vielleicht hilft es ja auch noch irgendwem da draußen.
Update vom 20.5.2010: Funktioniert genauso auch unter Ubuntu 10.04 (und damit höchstwahrscheinlich auch Kubuntu 10.04). Klappt außerdem sowohl für 32-Bit- als auch 64-Bit-Versionen.
Thema: Bioinformatik, Linux | Beitrag kommentieren


Nachdem ich mich in einem meiner früheren Postings verzweifelt darüber ausgelassen habe, dass ich es nicht geschafft hatte, mein Widescreen-Display mit der richtigen Auflösung unter Ubuntu zum Laufen zu bekommen, gibt es jetzt Neuigkeiten: Nach mehreren weiteren Versuchen bin ich heute auf den Hinweis gestoßen, der es mir endlich ermöglicht hat, mein Ubuntu wieder zu nutzen.
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